Можно предположить, что вода попадает в багажник как-то (резинка багажника, уплотнители фонарей, дыры в багажнике), а потом испаряется и конденсируется на холодной крышке багажника.
Из трешевого способа определения - залезь в багажник с фонариком и попроси кого-нибудь из поливать багажник водой, сам ищи, откуда течет
